复杂部分性发作在发作过程中存在有意识的变化，常定义为短暂意识的丧失，患者会出现失语、咂嘴、眨眼以及手的无目的运动。部分性发作起源于局部病灶，并可以扩散到对侧大脑半球。这种情况称为部分性发作继发全身性发作。如果发作开始未被察觉，尽管患者可以回忆起他的先兆发作，它可能被看成全身性发作。一次复杂部分性发作可以开始于简单部分性发作。
发作症状与起源的大脑皮质功能相关。例如：如果发作起源于大脑运动皮质患者可以出现肌肉抽搐。如果发作起源于大脑感觉皮质患者感到疼痛感或触电样感觉。如果发作起源于颞叶，患者会出现如：幻觉、感到胃部上涌感、熟悉或者不熟悉的感觉、不同的气味或者味道的先兆。
癫痫发作的时候称为发作期，发作后的时期被称为发作后期。在发作期，部分大脑或者整个大脑过度兴奋。这个过度兴奋期后会紧跟大脑的停工，最后导致身体的无力。患者会出现全身的无力或半侧肢体无力。它会出现运动、感觉的障碍、语言或视力的问题。这种情况称为Todd瘫痪。在这个发作后期，患者可以感觉十分疲惫。他的肌肉会感觉酸痛。发作后期头痛同样很常见。一些患者发作之后会出现精神症状。
起源于大脑的局部的发作同时会扩散，当扩散到大脑不同的部分患者会有不同的症状。约有40%的复杂部分性癫痫患者发病时有先兆，感到胃部不适、幻听、幻味、眩晕、恶心、恐惧等。
继发全身性发作：可。有复杂部分性发作进展为全身性发作，也可能是单纯部分性发作进展为复杂部分性发作，然后继发全身性发作，包括全身强直一阵挛性、强直性或阵挛性发作。在发作后，患者基本无法回忆起刚才的发作情况，因为发作本身使得记忆过程受损，发作这件事儿在脑内没有效地储存。
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